Analysis of the human tissue-specific expression by genome-wide integration of transcriptomics and antibody-based proteomics
Artikel i vetenskaplig tidskrift, 2014
Global classification of the human proteins with regards to spatial expression patterns across organs and tissues is important for studies of human biology and disease. Here, we used a quantitative transcriptomics analysis (RNA-Seq) to classify the tissue-specific expression of genes across a representative set of all major human organs and tissues and combined this analysis with antibody- based profiling of the same tissues. To present the data, we launch a new version of the Human Protein Atlas that integrates RNA and protein expression data corresponding to 80% of the human protein-coding genes with access to the primary data for both the RNA and the protein analysis on an individual gene level. We present a classification of all human protein-coding genes with regards to tissue-specificity and spatial expression pattern. The integrative human expression map can be used as a starting point to explore the molecular constituents of the human body. © 2014 by The American Society for Biochemistry and Molecular Biology, Inc.
Författare
L. Fagerberg
Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)
B. M. Hallstrom
Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)
P. Oksvold
Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)
C. Kampf
Uppsala universitet
D. Djureinovic
Uppsala universitet
J. Odeberg
Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)
Masato Habuka
Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)
Simin Tahmasebpoor
Uppsala universitet
A. Danielsson
Uppsala universitet
K. Edlund
Uppsala universitet
A. Asplund
Uppsala universitet
E. Sjostedt
Uppsala universitet
E. Lundberg
Uppsala universitet
C.A.K. Szigyarto
Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)
Marie Skogs
Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)
Jenny Ottosson Takanen
H. Berling
H. Tegel
Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)
J. Mulder
Lab Surgpath
P. Nilsson
Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)
J. M. Schwenk
Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)
C. Lindskog
Uppsala universitet
Frida Danielsson
Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)
Adil Mardinoglu
Chalmers, Kemi- och bioteknik, Livsvetenskaper
Å. Sivertsson
Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)
K. von Feilitzen
Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)
M. Forsberg
Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)
M. Zwahlen
Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)
I. Olsson
Uppsala universitet
S. Navani
Lab Surgpath
M. Huss
Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)
Jens B Nielsen
Chalmers, Kemi- och bioteknik, Livsvetenskaper
Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)
F. Ponten
Uppsala universitet
Mathias Uhlen
Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)
Karolinska Institutet
Molecular and Cellular Proteomics
1535-9476 (ISSN) 1535-9484 (eISSN)
Vol. 13 2 397-406Styrkeområden
Livsvetenskaper och teknik (2010-2018)
Ämneskategorier
Medicinsk bioteknologi (med inriktning mot cellbiologi (inklusive stamcellsbiologi), molekylärbiologi, mikrobiologi, biokemi eller biofarmaci)
Bioinformatik och systembiologi
Genetik
DOI
10.1074/mcp.M113.035600
PubMed
24309898