Biobased Adipic Acid - Challenges in Establishing a Cell Factory
Doctoral thesis, 2019
The aim of the work presented in this thesis was to engineer a microorganism for the production of adipic acid from glucose, more specifically, from glucose streams derived from lignocellulosic forest residues. Theoretical evaluation of metabolic pathways for adipic acid production revealed several obstacles, including redox imbalance and the discovery or engineering of enzymes to catalyze novel reactions. Mining of enzyme databases for alternative paths proved fruitful, and the number of biochemical reactions in the lysine pathway employing as yet unidentified enzymes was reduced from three to two, without affecting the thermodynamics of the pathway. A combined approach of in vitro and in silico analysis suggested potential enzyme engineering strategies for one of the reactions, for which there are as yet no identified enzymes, namely, the reduction of unsaturated α,β bonds of 6-aminohex-2-enoic acid and 2-hexenedioic acid.
When defining a suitable host for microbial adipic acid production, tolerance to high concentrations of adipic acid (50-100 g L-1) is important to ensure an economically feasible process, preferably at low pH (below 5) to further reduce the overall process cost. Screening of bacteria, yeasts and a filamentous fungus grown in increasing concentrations of adipic acid (0-100 g L-1) and at different pH revealed Candida viswanathii to be a promising host to engineer for adipic acid production. A comparative study of C. viswanathii with Saccharomyces cerevisiae in controlled batch cultivations at increasing adipic acid concentrations (0-95 g L-1) and low pH (pH 4 and pH 5) revealed significant differences in their tolerance to adipic acid; C. viswanathii being able to grow, almost unaffected, under all the conditions investigated, whereas S. cerevisiae was unable to grow at 95 g L-1. Lipid analysis of their cell membranes revealed C. viswanathii to have a thicker and more compact cell membrane, which is probably less permeable to adipic acid.
2-hexenedioic acid
enzyme engineering
6-aminohex-2-enoic acid
S. cerevisiae
adipic acid pathway via lysine
cell factory
C. viswanathii
lignocellulose
biorefinery
tolerance
in silico docking
adipic acid
Author
Emma Skoog
Chalmers, Biology and Biological Engineering, Industrial Biotechnology
Biobased adipic acid – The challenge of developing the production host
Biotechnology Advances,;Vol. 36(2018)p. 2248-2263
Review article
In silico and in vitro studies of the reduction of unsaturated α,β bonds of trans-2-hexenedioic acid and 6-amino-trans-2-hexenoic acid – Important steps towards biobased production of adipic acid
PLoS ONE,;Vol. 13(2018)
Journal article
Adipic acid tolerance screening for potential adipic acid production hosts
Microbial Cell Factories,;Vol. 16(2017)
Journal article
Skoog, E., Ferone, M., Punchalee, M., Mapelli, V., Olsson, L. ATP levels and membrane lipid composition give insights to the difference in adipic acid tolerance in Candida viswanathii and Saccharomyces cerevisiae
I min avhandling undersöker jag möjligheten att designa mikroorganismer, genom att uttrycka nya enzymer, för produktion av adipinsyra från biomassa. Jag utvärderar och diskuterar alternativ föreslagna i litteraturen, för mikrobiell omvandling av glukos till adipinsyra. En av de föreslagna vägarna är att omvandla glukos till adipinsyra via aminosyran lysin. Produktion av lysin är naturligt förekommande hos många mikroorganismer och utförs i industriell skala. Utmaningen med denna väg är att flertalet av de biokemiska reaktioner som krävs innefattar enzym som ännu inte identifierats. I avhandlingen ger jag förslag på alternativa vägar från lysin till adipinsyra med färre antal biokemiska reaktioner som utförs av hittills ej identifierade enzym. Jag ger även förslag på hur två kända enzym; Oye1 och NemA, kan designas för att kunna utföra en av de eftertraktade biokemiska reaktionerna där det ännu inte finns något känt enzym identifierat.
Vid industriell produktion av adipinsyra krävs det att den biobaserade processen når höga koncentrationer av adipinsyra (50–100 g/L) för att den ekonomiskt ska kunna konkurrera med den fossila produktionen. Vidare är det fördelaktigt om processen kan utföras vid ett lågt pH (lägre än 5) då det förenklar uppreningen av adipinsyra i nedströmsprocesser och minskar den totala produktionskostnaden. I mitt arbete undersökte jag därför olika mikroorganismers förmåga att växa vid industriellt relevanta processförhållanden. Jästen Candida viswanathii identifierades som mikroorganismen med bäst potential att klara en hög koncentration av adipinsyra vid ett lågt pH. Från en jämförande studie med den mycket välkända jästen Saccharomyces cerevisiae visade det sig att skillnader i cellmembranet, där C. viswanathii har ett tjockare och potentiellt tätare packat membran än S. cerevisiae, kan vara en anledning till dess goda tolerans till adipinsyra.
Sammantaget ger min forskning en god grund för fortsatt utveckling av biobaserad produktion av adipinsyra med hjälp av mikroorganismer och därmed ett steg närmre omställningen till en biobaserad ekonomi.
Upgrading of renewable domestic raw materials to value-added bulk and fine chemicals for a biobased economy: technology development, systems integration and environmental impact assessment (BioBuF)
Region Västra Götaland (RUN612-0806-13), 2013-11-01 -- 2018-10-31.
Formas (213-2013-78), 2013-06-17 -- 2018-12-31.
Driving Forces
Sustainable development
Subject Categories
Cell Biology
Biochemicals
Biochemistry and Molecular Biology
Biophysics
Microbiology
Biocatalysis and Enzyme Technology
Areas of Advance
Life Science Engineering (2010-2018)
ISBN
978-91-7905-128-0
Doktorsavhandlingar vid Chalmers tekniska högskola. Ny serie: 4595
Publisher
Chalmers
KA-salen, Kemigården 4
Opponent: PhD John Morrissey, University College Cork, Cork, Ireland