Simulation-based Protein Engineering with Transferable Implicit Transfer Operators (SPETITO)

Forskningsprojekt, 2026 – 2031

En enda aminosyrasubstitution eller en mindre konformationsförändring kan avsevärt förändra ett proteins funktion. Att modellera sådana minimala förändringar och deras dynamiska funktionella effekter skulle revolutionera rationell proteinteknik inom allt från energi till biomedicin.

Det ERC-finansierade projektet SPETITO syftar till att optimera sin modelleringsplattform – som kan utföra simuleringar 100 000 gånger snabbare än konventionella molekyldynamiska simuleringar – så att den kan tillämpas på alla molekylära system och skalas upp till större molekyler.

Arbetet omfattar utvecklingen av en överförbar modell baserad på en ”implicit överföringsoperator”, som fångar universell proteinfysik på mikrosekundsskala, ett optimeringsramverk baserat på gradienter i proteinsekvenser för effektiv utforskning av sekvensrymden samt en automatiserad, termodynamiskt integrerad designprocess för att konstruera skräddarsydda proteiner.