Identification of novel antibiotic resistance genes through large-scale data analysis
Licentiatavhandling, 2017
carbapenemases
antibiotic resistance
big data
hidden Markov model
metagenomics
Författare
Fanny Berglund
Chalmers, Matematiska vetenskaper, Tillämpad matematik och statistik
Berglund, F., Marathe, N., Österlund, T., Razavi, M., Bengtsson-Palme, J., Kotsakis, S., Flach, C. F., Larsson, D. G., Kristiansson, E. Identification of 76 novel metallo-β-lactamases through large-scale screening of genomic and metagenomic data.
Boulund, F., Berglund, F., Flach, C. F., Bengtsson-Palme, J., Marathe, N., Larsson, D. G., Kristiansson, E. Computational discovery and validation of novel fluoroquinolone resistance genes in public metagenomic data sets.
Berglund, F., Österlund, T., Boulund, F., Larsson, D. G., Kristiansson, E. A computational method for identification of novel antibiotic resistance genes in metagenomes.
Drivkrafter
Hållbar utveckling
Ämneskategorier
Mikrobiologi
Bioinformatik och systembiologi
Genetik
Styrkeområden
Livsvetenskaper och teknik (2010-2018)
Utgivare
Chalmers
Euler-salen, Skeppsgränd 3, Chalmers
Opponent: Dr Mark van Passel, Laboratory of Microbiology, Wageningen University, Wageningen, The Netherlands