Mathematical modeling in precision nutrition
Doctoral thesis, 2023

Precision nutrition (PN) aims to tailor diets for individuals or groups based on comprehensive data to improve prevention of diseases, such as cardiometabolic diseases. Predicting individual postprandial metabolic responses and identifying individuals with similar metabolic phenotypes (metabotypes) could guide tailored diet strategies. While many metabolic markers are associated with health outcomes, predictive methods for high-dimensional postprandial responses are lacking. Furthermore, metabotyping has mainly been performed using cluster analysis on data from static blood markers or from responses to single dietary challenges. However, methods to incorporate time-resolved data from several dietary challenges or multi-omics (e.g., metabolomics and microbiomics) have not been explored properly. This thesis breaks ground by addressing these challenges using time-resolved and static metabolomics, gut microbiota, dietary, and health status data.
The research presented in this thesis showed successful identification of metabotypes related to different cardiometabolic risks in a free-living population using multiple factor analysis of static microbiota and metabolomics. This led to deeper metabolic characterization compared to using single omics. Furthermore, dynamic mode decomposition was used to investigate the predictability of postprandial metabolic responses using the baseline metabolome and nutritional information of meals. The method was shown to be predictive in both measured (R2=0.4) and simulated (R2=0.65) data. It was also used along with the tensor decomposition CANDECOMP/PARAFAC to identify metabotypes relating to amino acid absorption in data from a crossover intervention study using repeated measurements from multiple dietary challenges, showing the utility of performing the two important PN tasks in one method. Finally, kinetic model parameters derived from postprandial plasma glucose dynamics were investigated to identify differential responders to meal challenges. Identified clusters were differently associated with type-2 diabetes risk markers and gut microbiota, which showed that differences in postprandial dynamics relate to type 2 diabetes risk markers and can be used to identify individuals at risk.
In conclusion, the analytical methods developed in this thesis present a versatile toolbox that may be used to improve metabotyping in complex study designs, enable dynamic predictions of postprandial responses, and demonstrate the utility of postprandial dynamics in detecting individuals at risk of disease.

Personalized nutrition

precision nutrition

differential responders

metabotypes

10'an, Kemivägen 8a
Opponent: Professor, Morten Arendt Rasmussen University of Copenhagen, Copenhagen, Denmark.

Author

Viktor Skantze

Chalmers, Life Sciences, Food and Nutrition Science

Viktor Skantze, Carl Brunius, Mikael Wallman, Agnetha Rostgaard-Hansen, Ana Guadall Roldán, Ferran Reverter Comes, Maria Cristina Andrés Lacueva, Marie Palmnäs, Anne Tjønneland, Mats Jirstrand, Rikard Landberg, Jytte Halkjaer, Alejandro Sanchez Plá. Identification of metabotypes related to cardiometabolic risk factors and their association with diet in the Diet, Cancer, and Health-Next Generations MAX cohort.

Identification of metabotypes in complex biological data using tensor decomposition

Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems,; Vol. 233(2023)

Journal article

Viktor Skantze, Mats Jirstrand, Carl Brunius, Ann-Sofie Sandberg, Rikard Landberg, & Mikael Wallman. Data-driven analysis and prediction of dynamic postprandial metabolic response to multiple dietary challenges using dynamic mode decomposition.

Människor är olika, och i takt med en snabb teknikutveckling har precisionsmedicin vunnit mark, dvs vård och medicinering mer anpassad utifrån individens biologi och behov. Det har även visats att människor reagerar olika på kost. Detta beror på skillnader i såväl ämnesomsättning som andra faktorer. I nuläget utnyttjas inte kunskapen om detta i någon större utsträckning, varken för behandling eller förebyggande av sjukdom. Precisionsnutrition är ett ungt forskningsfält som söker svaret på vilken kost som är optimal för att främja hälsa och förhindra framtida sjukdomar hos enskilda individer.

Skräddarsydda kostråd kan ges på individnivå eller gruppnivå, där grupperna representerar så kallade metabotyper – personer med liknande ämnesomsättning och som kan gynnas av liknade kost. För att precisionsnutrition ska bli verklighet behövs effektiva sätt att identifiera de olika metabotyperna. Det behövs även bättre metoder för att förutsäga hur individer reagerar på olika typer av kost. I den här avhandlingen ingår fyra vetenskapliga arbeten som adresserar både fastställandet av metabotyper och förutsägande (prediktion) av kostrespons. Sammantaget kan dessa ta fältet ett steg närmare förverkligandet av precisionsnutrition.

I det första arbetet visades hur man kan utnyttja en enskild mätning av metaboliter, dvs ämnen som ingår i ämnesomsättningen, tillsammans med data om individers tarmbakterier och riskmarkörer i blodet, för att identifiera olika metabotyper. Studien identifierade flera olika metabotyper och visade att dessa har ett samband med individers kostintag.

I två av avhandlingens studier användes olika beräkningsmetoder och modeller för att identifiera metabotyper utifrån skillnader i förändringen av individers metabolitmönster över tid efter en måltid. Den ena metoden identifierar delar av data med störst variation medan den andra metoden beskriver dynamiken i mätningarna. Utöver att identifiera metabotyper lyckades den här dynamiska metoden, där metabolitförändringar följs över tid, även med att prediktera kostrespons för ett stort antal metaboliter. Detta är ett stort och viktigt framsteg eftersom metoden, i förlängning, skulle kunna användas för att ge systematiska kostråd till individer baserat på kunskap om hur de har regerat på måltider de har ätit tidigare. Båda dessa metoder har därmed stor potential att kunna användas inom precisionsnutrition.

I det sista arbetet användes en metod för att särskilja två grupper med olika risk för att utveckla typ-2-diabetes med hjälp av deras blodsockersvar efter att ha ätit en måltid. Ett slående resultat var att högriskgruppen uppvisade en ohälsosam blodsockerrespons på så kallad låg GI-kost, trots att sådan mat, enligt rådande kunskap, borde ge en mer hälsosam respons. Detta visar att det finns en stor variation i hur individer reagerar på kost och betonar vikten av att kunna skräddarsy kostråd till individens respons.

Sammantaget bidrar den här avhandlingen med ny kunskap kring metabotypning, särskilt med avseende på hur vi kan använda komplexa analysdata. Avhandlingen bidrar också med kunskap kring prediktion av hur människor svarar på kost. De nya verktyg som presenteras utgör därmed en grund för att kunna ta precisionsnutrition närmare praktisk applikation.

Areas of Advance

Life Science Engineering (2010-2018)

Subject Categories

Bioinformatics and Systems Biology

Nutrition and Dietetics

ISBN

978-91-7905-980-4

Doktorsavhandlingar vid Chalmers tekniska högskola. Ny serie: 5446

Publisher

Chalmers

10'an, Kemivägen 8a

Opponent: Professor, Morten Arendt Rasmussen University of Copenhagen, Copenhagen, Denmark.

More information

Latest update

1/8/2024 1