Integration of clinical data with a genome-scale metabolic model of the human adipocyte
Artikel i vetenskaplig tidskrift, 2013

We evaluated the presence/absence of proteins encoded by 14 077 genes in adipocytes obtained from different tissue samples using immunohistochemistry. By combining this with previously published adipocyte-specific proteome data, we identified proteins associated with 7340 genes in human adipocytes. This information was used to reconstruct a comprehensive and functional genome-scale metabolic model of adipocyte metabolism. The resulting metabolic model, iAdipocytes1809, enables mechanistic insights into adipocyte metabolism on a genome-wide level, and can serve as a scaffold for integration of omics data to understand the genotype-phenotype relationship in obese subjects. By integrating human transcriptome and fluxome data, we found an increase in the metabolic activity around androsterone, ganglioside GM2 and degradation products of heparan sulfate and keratan sulfate, and a decrease in mitochondrial metabolic activities in obese subjects compared with lean subjects. Our study hereby shows a path to identify new therapeutic targets for treating obesity through combination of high throughput patient data and metabolic modeling.

adipocyte

genome-scale metabolic model

flux balance analysis

obesity

proteome

Författare

Adil Mardinoglu

Chalmers, Kemi- och bioteknik, Livsvetenskaper, Systembiologi

Forskning Andra publikationer

Rasmus Ågren

Chalmers, Kemi- och bioteknik, Livsvetenskaper, Systembiologi

Forskning Andra publikationer

C. Kampf

Uppsala universitet

A. Asplund

Uppsala universitet

Intawat Nookaew

Chalmers, Kemi- och bioteknik, Livsvetenskaper, Systembiologi

Forskning Andra publikationer

Peter Jacobson

Göteborgs universitet

A. J. Walley

Hammersmith Hospital

P. Froguel

Hammersmith Hospital

Centre national de la recherche scientifique (CNRS)

Lena M S Carlsson

Göteborgs universitet

M. Uhlen

AlbaNova University Center

Jens B Nielsen

Chalmers, Kemi- och bioteknik, Livsvetenskaper, Systembiologi

Forskning Andra publikationer

Molecular Systems Biology

1744-4292 (ISSN)

Vol. 9 1 649-

Infrastruktur

C3SE (Chalmers Centre for Computational Science and Engineering)

Styrkeområden

Livsvetenskaper och teknik (2010-2018)

Ämneskategorier

Bioinformatik och systembiologi

DOI

10.1038/msb.2013.5

Publikationsdata kopplat till DOI

Mer information

Senast uppdaterat

2019-04-10

Feedback och support

Om du har frågor, behöver hjälp, hittar en bugg eller vill ge feedback kan du göra det här nedan. Du når oss också direkt per e-post research.lib@chalmers.se eller via telefon 031-772 3744.

Om tjänsten

Research.chalmers.se innehåller information om forskning på Chalmers, publikationer och projekt inklusive information om finansiärer och samarbetspartners.

Läs mer om tjänsten, täckningsgrad och vilka som kan se informationen

Länkar

Chalmers bibliotek
Chalmers forskning
Forskningsprojekt på chalmers.se

Chalmers tekniska högskola

412 96 GÖTEBORG
TELEFON: 031-772 10 00
WWW.CHALMERS.SE