A pathology atlas of the human cancer transcriptome
Artikel i vetenskaplig tidskrift, 2017

Cancer is one of the leading causes of death, and there is great interest in understanding the underlying molecular mechanisms involved in the pathogenesis and progression of individual tumors. We used systems-level approaches to analyze the genome-wide transcriptome of the protein-coding genes of 17 major cancer types with respect to clinical outcome. A general pattern emerged: Shorter patient survival was associated with up-regulation of genes involved in cell growth and with down-regulation of genes involved in cellular differentiation. Using genome-scale metabolic models, we show that cancer patients have widespread metabolic heterogeneity, highlighting the need for precise and personalized medicine for cancer treatment. All data are presented in an interactive open-access database (www.proteinatlas.org/pathology) to allow genome-wide exploration of the impact of individual proteins on clinical outcomes.

Hallmarks

Breast-Cancer

RNA

Cell Lung-Cancer

Expression

Metabolism

Carcinoma

Författare

M. Uhlen

Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)

Danmarks Tekniske Universitet (DTU)

AlbaNova University Center

C. Zhang

Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)

SangWook Lee

Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)

E. Sjostedt

Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)

Uppsala universitet

L. Fagerberg

Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)

G. Bidkhori

Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)

Rui Benfeitas

Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)

M. Arif

Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)

Z. T. Liu

Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)

F. Edfors

Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)

K. Sanli

Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)

K. von Feilitzen

Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)

P. Oksvold

Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)

E. Lundberg

Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)

S. Hober

AlbaNova University Center

P. Nilsson

Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)

J. Mattsson

Uppsala universitet

J. M. Schwenk

Kungliga Tekniska Högskolan (KTH)

H. Brunnstrom

Lunds universitet

B. Glimelius

Uppsala universitet

Tobias Sjöblom

Uppsala universitet

P. H. Edqvist

Uppsala universitet

D. Djureinovic

Uppsala universitet

P. Micke

Uppsala universitet

C. Lindskog

Uppsala universitet

Adil Mardinoglu

Chalmers, Biologi och bioteknik, Systembiologi

F. Ponten

Uppsala universitet

Science

0036-8075 (ISSN)

Vol. 357 660-+

Ämneskategorier

Medicinska grundvetenskaper

DOI

10.1126/science.aan2507